Es ist nie verkehrt seine Shisha ab und an zu reinigen, um Veränderungen des Geschmacks durch Ablagerungen und Ähnliches zu verhindern. Eine Reinigung ist besonders wichtig, wenn man nicht nur Wasser, sondern auch noch andere Substanzen in das Wassergefäß füllt, damit man den Geschmack nicht länger als nötig in der Shisha hat.
Verwendet man zusätzlich Aromen, die auf einer Basis von Öl bestehen, sollte man die Shisha sehr gründlich mit einem lipophilen Mittel, beispielsweise medizinischer Alkohol, reinigen, damit sich das Aroma nicht in der Shisha festsetzt und der Geschmack lange bleibt.
Das Wassergefäß, die Rauchsäule und den Tabakkopf kann man mit heißem Wasser reinigen. Zusätzlich gibt es noch verschiedene Bürstensortimente, mit denen man die Rauchsäule im Inneren gründlich reinigen und somit von allen eventuellen Ablagerungen und Verstopfungen befreien kann.